Cuando decidimos crear un juego con scripts, hemos de escoger primero un evento y luego el D&D de Code. Y ahí, poner un scrips relacionado con ese evento. La duda que tengo es para que sirve la carpeta de Script. Esa que este en el árbol de la izquierda. Osea, ¿Se puede crear un juego totalmente en esa carpeta? ¿O la gente que utiliza GML lo hace siempre escogiendo un evento y luego poniendo un Code simple?

Esa carpeta nada más es de uso interno del game maker. No es que en tu disco duro exista toda la estructura de la izquierda, es solo para ayudarte a organizar tus recursos dentro del game maker, para que los sprites no estén revueltos con scripts, ni con objetos, etc.

Sí se puede crear un juego nada más con scripts, pero es cuestión de gustos. Hay gente a la que no le gusta usar scripts, o que no le gusta usar demasiados (se forma una maraña de scripts en la carpeta scripts). Puedes usar "code simple" o crear scripts para cada evento de cada objeto que tengas, como te parezca mejor.