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Quiero crear un juego de plataformas, y que el background sea de varios niveles y que se muevan a distintas velocidades para que de sensación de profundidad, x ejemplo, un fondo que tenga las nubes, otro mas adelante que tenga montañas, y otro adelante que tenga árboles. Trate de agregar las cosas por separado como objetos y cuando agrego uno con fondo transparente, me pinta todo de gris, y no se me mantiene el fondo de las nubes que habia puesto antes.
Espero haberme explicado bien. Gracias!

Ese efecto se llama Parallax.  Usa varios backgrounds.

Se deberia mantener lo que esta detras, la mejor forma seria agregar varios backgrounds como dice Elvis Kelley, la forma mas rapida y facil seria con un Execute a piece of code, así que agrega uno en un evento draw
Ahora dentro siguiendo lo que dice en el manual:

Citardraw_background(back,x,y) Dibuja el fondo en la posición (x,y), sin teñirlo de ningún color y sin transparencia.

(Lo de sin transparecia se refiere a que su opacidad en 100%, pero las prtes transparentes del background seguiran siendo transparentes)
Entonces adentro del Execute a piece of code ecribis esto:
[gml]draw_background(miFondoDeNubes,0,0)
draw_background(miFondoDeMontañas,0,0)
draw_background(miFondoDeArboles,0,0)[/gml]
(El orden es importante, lo que se dibuja primero queda tapado por lo que se dibuja despues)
Entonces ya esta, solo falta cambiar los nombres de los backgrounds, pero ahora si lo que quieres es hacer que las nubes se muevan mas lento que las montañas y arboles necesitas hacer lo que se llama Paralaje, que ya lo respondi (dos veces)