Hola amigos, ya tengo mi personaje con los movimientos basicos, pero quiero que se mueva en matrices de manera natural, no que se teletransporte de una casilla a otra.

La razon principal de esto es debido a que estoy practicando pathfinding y el algoritmo A* requiere que sea en matriz.

Si alguno sabe darme algunas indicaciones le agradezco

Si entiendo bien, buscas un movimiento en cuadrículas ¿no? quizás te sirva este código:
[gml]
if place_snapped(32,32)
{
    speed = 0;
   
    if keyboard_check(vk_left)
    {
        speed = 4;
        direction = 180;
    }
    if keyboard_check(vk_right)
    {
        speed = 4;
        direction = 0;
    }
    if keyboard_check(vk_up)
    {
        speed = 4;
        direction = 90;
    }
    if keyboard_check(vk_down)
    {
        speed = 4;
        direction = 270;
    }
}
[/gml]
Esto sería para moverse entre espacios de 32x32 a velocidad de 4, puedes darle cualquier velocidad que sea divisor de 32.