Estaba haciendo una especie de contador en la que por cada segundo que pasa hay una especie de reloj y la linea del reloj tiene que ir dando una vuelta de 360 grados.

La cuestión es que no estoy usando el tradicional angle de Game Maker ya que lo estoy dibujando mediante un draw_line();

Como me puedo referir en un draw_line a su angulo?

Usa las funciones lengthdir_x y lengthdir_y.

Por ejemplo, coloca este código en el evento Draw de un objeto:
[gml]
draw_line( x,y, x+lengthdir_x(100,direction), y+lengthdir_y(100,direction) );
direction += 2;
[/gml]