Hola buen día, tengo una duda no se que sea mejor si desactivar un objeto del escenario mientras no se utilice o bien destruirlo y crearlo de nuevo cuando se vaya a utilizar.

De antemano gracias.

Si es un objeto que ya no se utiliza jamás, destruirlo. SI es un objeto que más tarde volverás a usar, desactivarlo.

Al reactivar un objeto,  conserva todo su estado tal como estaba antes de desactivarlo: velocidad, posición, gravedad, índice de sprite, y demás variables que hayas creado, en
cambio si creas uno nuevo desde cero, es muy probable que necesites "recordar" el estado anterior de ese objeto (lo cual puede ser un par de variables o decenas de ellas), por lo que  tendrías que crear un sistema de guardado y recargado de datos para esos objetos.