Hola, quiero saber como puedo crear una instancia en la coordenada donde hace click el raton y que cuando vuelva a hacer click se borre la anterior instancia y se cree la nueva en la siguiente coordenada del click.

Primero cuenta la instancia si es mayor o igual a uno la destruyes y despues crea una nueva
Creo q es eso lo q quieres como una badera para marcar un sitio en el mapa

Coloca este código en el evento "step" de algún objeto que este siempre (que no se destruya) en el juego:
[gml]
if mouse_check_button_pressed(mb_left)
{
with(Obj_QueQueresCrear){instance_destroy();}
instance_create(mouse_x,mouse_y,Obj_QueQueresCrear);
}
[/gml]