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Solucionado, el problema era que usaba window_mouse_set y en pantalla completa daba problemas, arreglado usando window_view_mouse_set (aunque es 3D y no usaba la view, ésta no tiene problemas con pantalla completa)

UP, busqué un método alternativo "solucionando" mi problema, pero este método alternativo me da otro problema, lo edito en el primer post =D

pasate el metodo que lo quiero!!

Yo quería poder hacer click a un lugar del mapa y moverme hacia él, como en el lol (en este caso personaje 3D y fondo 2D, pero el fondo en sí tiene suelo totalmente plano, cuenta como estar en una habitación). Pero no sabía transformar coordenadas 2D de la pantalla a coordenadas 3D.

Así que, en vez de clicar a un lugar del campo para ir hacia él, simulé un JOYSTICK. O sea, adonde tu muevas el ratón, el personaje mira hacia allí (y mantener el click para caminar). No hay que mover el ratón: solo moverlo ligeramente hacia arriba y mirará hacia arriba. Paso el código para que lo entiendas mejor.

if (point_distance(100, 620, mouse_x, mouse_y) > 40) {
    window_view_mouse_set(0, 100+cos(degtorad(point_direction(100, 620, mouse_x, mouse_y)))*40,
    620-sin(degtorad(point_direction(100, 620, mouse_x, mouse_y)))*40);
}

if (point_distance(100, 620, mouse_x, mouse_y) < 36) {
    window_view_mouse_set(0, 100+cos(degtorad(point_direction(100, 620, mouse_x, mouse_y)))*36,
    620-sin(degtorad(point_direction(100, 620, mouse_x, mouse_y)))*36);
}

Básicamente ese código crea una especie de aro, por donde puedes mover el ratón en círculos (no hacia el centro, sólo por el borde), así que con mover ligeramente el ratón rápidamente cambias la dirección. Literalmente transformas el ratón en un joystick donde fácilmente puedes darle una dirección, sin tener que mover el ratón grandes distancias, y funciona en pantalla completa (debes habilitar la view, aunque funciona sin usarla como en mi caso)