Buenas, acabo de sacar una app en google play y estoy teniendo problemas con los anuncios, estoy utilizando intersticiales cada vez que una variable llega a "x" número, entonces creo el objeto que pide el intersticial y una vez está cargado lo muestra.

La cuestión es que muchas veces los anuncios no salen y parece ser que en algunos casos el anuncio no termina de cargar nunca, y en otros casos no está listo para mostrarse o algo así y no sé muy bien que hacer.

Los cargas a la vez que los muestras? Deberías tenerlos pre-cargados y pedir que se muestren cuando quieras. A veces se tarda un poco en disponer del anuncio, por eso no se te mostrará.

Tendríar que darnos un poco más de información para saber cuál es el problema. Por ejemplo, publicar el código con el que estás haciendo el llamado a los anuncios para saber que está pasando.

En GMS tienes un tutorial con archivo de ejemplo para hacer los distintos llamados a cada tipo de anuncio.

Simplemente dale una mirada y compáralo tu proyecto.