Siempre se tiene que definir la textura a partir de un background o sprite, los modelos de GM no guardan la textura con la que fueron diseñados, sólo almacenan las coordenadas dentro de la textura, eso simplifica la tarea de cambiar la textura de un modelo dentro del juego, pero complica la aplicación de varias texturas al modelo.
Sobre los programas, puedes usar prácticamente cualquier software de modelado en 3D, y después usar un convertidor para pasar los modelos al formato compatible con GM, o usar una extensión que permita importar un formato diferente, todo eso lo puedes encontrar la GameMakerComunity. Creo que esto ya se ha preguntado antes, usa el buscador para encontrar sugerencias de programas; algunos son Wings 3d y Sketchup.
Sobre los programas, puedes usar prácticamente cualquier software de modelado en 3D, y después usar un convertidor para pasar los modelos al formato compatible con GM, o usar una extensión que permita importar un formato diferente, todo eso lo puedes encontrar la GameMakerComunity. Creo que esto ya se ha preguntado antes, usa el buscador para encontrar sugerencias de programas; algunos son Wings 3d y Sketchup.