De acuerdo al manual sí hay una diferencia, dependiendo de dónde pones las constantes: si quieres que las constantes que definas estén disponibles para todas las configuraciones, las colocas en all configurations; si sólo estarán disponibles para la configuración por defecto, las pones en default. Cada vez que agregues una configuración, aparecerá su nombre en la zona de constantes y podrás definir constantes específicas adicionales para esa configuración. Por cierto, las configuraciones sólo están disponibles en la edición pro de GMS así que si usas la versión standard simplemente coloca las constantes en la carpeta all configurations.
Sobre lo segundo, las carpetas sólo sirven para ordenar los recursos del árbol de recursos, no tienen ninguna otra función.
Sobre lo segundo, las carpetas sólo sirven para ordenar los recursos del árbol de recursos, no tienen ninguna otra función.