Hay varias opciones. Una de ellas es similar a lo que dices: tienes un objeto controlador de los bloques y éste los va creando y destruyendo en las posiciones dadas.
Otra opción es que simplemente se "teletransporten", o sea, tener 1 o 2 bloques que, luego de desvanecerse, se teletransporten y vuelvan a aparecer.
Otra opción es que simplemente se "teletransporten", o sea, tener 1 o 2 bloques que, luego de desvanecerse, se teletransporten y vuelvan a aparecer.