No estoy seguro, pero creo que es porque GM:S está configurado para exportar la APK con soporte para distintas arquitecturas (para que el juego corra en el mayor número de dispositivos posibles) y cada arquitectura elegida aumenta el tamaño de la apk.
http://docs.yoyogames.com/source/dadiospice/001_advanced%20use/global%20game%20settings/android%20tab.html
http://docs.yoyogames.com/source/dadiospice/001_advanced%20use/global%20game%20settings/android%20tab.html