Bueno, al final logré solucionar la falla. El detalle es que las instancias que se desactivarian se guardaban en una pila. Cuando las cosas se dibujaban bien, la lista de instancias del debugger tenía un orden distinto que cuando se dibujaban mal. Me imagino que esto afectaba la profundidad de los sprites, por lo que ciertas cosas quedaban ocultas detrás de los fondos que sí se veían
Se supone que la pila la usaba para guardar sólo las instancias activas en el room, y si se tenían instancias desactivadas al momento de la pausa, esas no se guardaban en la pila, para que al quitar la pausa, no aparecieran activas. Quité ese códgo y usé directamente instance_activate_all (), lo que resolvió el problema
Me imagino que al guardar las instancias en una cola, pasaría algo similar, pero a la inversa. Quizás guardando las instancias en una lista no afecte el orden de reactivación.
EDICIÓN: Volví a reactivar el uso de pila, modificando el valor de la depth de los objetos, también se dibujan bien
Se supone que la pila la usaba para guardar sólo las instancias activas en el room, y si se tenían instancias desactivadas al momento de la pausa, esas no se guardaban en la pila, para que al quitar la pausa, no aparecieran activas. Quité ese códgo y usé directamente instance_activate_all (), lo que resolvió el problema
Me imagino que al guardar las instancias en una cola, pasaría algo similar, pero a la inversa. Quizás guardando las instancias en una lista no afecte el orden de reactivación.
EDICIÓN: Volví a reactivar el uso de pila, modificando el valor de la depth de los objetos, también se dibujan bien