Pues me pasa algo rarísimo, tengo un objeto controlador general para todas las fases y un objeto controlador de enemigos especiales y otras cosas especiales de la fase por cada room, coloco el general en la primera casilla de arriba a la izquierda del room y el controlador de cada room en la segunda casilla.

El controlador de enemigos de cada room además tiene en el create exclusivamente las ordenes para cargar la música de la fase con el saudio, asi que nada de lo de aquí influye para el problema, y luego ya en el step controla enemigos especiales y otras cosas, he probado a quitar todo lo del step y solo poner un sonido para probar si se oye y nada tampoco asi que tampoco influye nada de lo del step para el problema.

Pues bien, en mi primer room carga la música así que hace el create, pero no hace nada de lo que hay en step, mirándolo con el debug el objeto ya no esta, para probar le he puesto el objeto controlador del segundo room al primer room que esta fallando y entonces funciona bien, me carga la música del segundo room en el primero y me crea los enemigos especiales del step, con el debug si que aparece el objeto, entonces pruebo a clonar ese objeto controlador del room 2 y el objeto clonado lo pongo en la room 1, carga la música del room 2 pero lo del step ya no funciona y con el debug veo que ha desaparecido el objeto, pero es que es una copia exacta del objeto del room 2 que si que funciona, no entiendo que puede estar pasando.

No entendi bien tu problema.
Acaso tenes problema en reproducir una musica que ser carga de forma externa?

Marcalo como persistent. Diria que se te solucionara el problema.  :)

Veamos si me explico mejor.

El problema es que tengo un objeto que controla cosas que pasan durante la room, uno para cada room, pues este objeto en la primera room del juego hace todo lo del create y desaparece, no llega a hacer el step y desaparece.

Entonces pruebo a sustituirlo por el objeto que controla otra room y no hay problema, hace lo del create y luego sigue haciendo lo del step.

Entonces es cuando pienso, bien, el primer objeto que falla tendrá algo mal, haremos una copia del que funciona que es de otra room y aparir de ahí lo modifico, pues nanai, la copia del de la otra room, sin llegar a modificarlo solo la copia, tal cual la crea el GM con la opción de copiar objeto, falla, cuando el original va bien, la copia solo hace el create y desaparece.

Este problema solo lo tengo en esta room, en las demás ningún problema.

No puedo hacerlo persistente porque solo ha de estar en la room1.

Tienes algo por ahí que te desactiva o te destruye el objeto en cuestión.
Revisa otros objetos no tengas algún instance_deactivate o un instance_destroy que te hace la púa.
También puedes correr el modo debug para ver si el objeto esta ahí o desaparece.
Otra prueba seria ponerlo en persistent a ver si al menos te ejecuta más allá del create. Más que nada para ir descartando cosas.

Ops, tienes razón Domenec, gracias, tenia por ahí metido un "desactiva todo lo que este fuera de pantalla menos el objeto controlador de las fases 2, 3 y 4" así que me hacia desaparecer el de la fase 1 y cualquier otra cosa que hiciera pasar por objeto controlador.